tag:blogger.com,1999:blog-14655419.post2734692202597615184..comments2023-11-21T17:24:40.785+01:00Comments on Что интересного происходит в науке: Физика живой клеткиIgor Ivanovhttp://www.blogger.com/profile/00567251406214176660noreply@blogger.comBlogger15125tag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-66996774015308668592011-10-04T23:03:52.855+02:002011-10-04T23:03:52.855+02:00там еще QMMM может использоваться.
А перцы уже DF...там еще QMMM может использоваться. <br />А перцы уже DFTB делают с ДНК.<br /><br />Как жизня Кирилл ?Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-57088177300104037162010-11-13T23:54:39.426+01:002010-11-13T23:54:39.426+01:00Результаты интересны, но журналисты преувеличивают...Результаты интересны, но журналисты преувеличивают.Igor Ivanovhttps://www.blogger.com/profile/00567251406214176660noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-75882112170503148072010-11-13T23:35:17.166+01:002010-11-13T23:35:17.166+01:00http://rnd.cnews.ru/natur_science/news/top/index_s...http://rnd.cnews.ru/natur_science/news/top/index_science.shtml?2010/11/03/414709<br />серьезны ли эти результаты? нет ли ошибки или преувеличения журналистов?Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-21771537771888084382010-11-03T21:22:03.305+01:002010-11-03T21:22:03.305+01:00Спасибо, я не знал, как правильно, поправлю.Спасибо, я не знал, как правильно, поправлю.Igor Ivanovhttps://www.blogger.com/profile/00567251406214176660noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-22883486887852661662010-11-03T20:33:58.350+01:002010-11-03T20:33:58.350+01:00Gyorgy Buzsaki - дьёрдь буЖаки
zs звучит как Ж ве...Gyorgy Buzsaki - дьёрдь буЖаки<br />zs звучит как Ж венгерскомAnonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-13400685490477385532010-10-30T20:18:29.878+02:002010-10-30T20:18:29.878+02:00Да, он возвращается в свою обычную форму - при обы...Да, он возвращается в свою обычную форму - при обычных условиях это просто газ.Igor Ivanovhttps://www.blogger.com/profile/00567251406214176660noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-76614369233110398762010-10-30T15:48:30.514+02:002010-10-30T15:48:30.514+02:00Спасибо, идею про деликатные условия в принципе ус...Спасибо, идею про деликатные условия в принципе усвоил. Понял я это в том смысле что вот когда то давно было очень горячё и плотно, потом расширение и охлаждение, так и появилась Вселенная. <br />Вопрос возник скорей из за того что я не понял что происходит с красным кислородом после того как мы снимаем все условия его образования, возвращается ли он в свою исходную форму или тут есть некие "точки не возврата" на графике?Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-88255103608827861292010-10-30T14:22:27.900+02:002010-10-30T14:22:27.900+02:00«Простым» вещество будет оставаться только в экстр...«Простым» вещество будет оставаться только в экстремальных условиях. Для того, чтоб сделать из него что-то сложное, надо не затратить энергию, а создать деликатные, т.е. не экстремальные, условия. Я там в конце привожу пример, что такая сложная форма организации вещества как жизнь требовала для своего образования очень деликатные условия.<br /><br />Если на микроскопических масштабах гравитация такова, какой она нам кажется на макроскопических, то нет. Если же на микроскопических масштабах с гравитационным взаимодействиям происходят необычные явления (теоретики уже понапридумывали, какие именно явления могут быть) — тогда да.Igor Ivanovhttps://www.blogger.com/profile/00567251406214176660noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-36635683042672947402010-10-30T13:53:37.579+02:002010-10-30T13:53:37.579+02:00Вопрос не в тему. Я гуманитарий и далекий человек ...Вопрос не в тему. Я гуманитарий и далекий человек от естественнонаучных дисциплин. Но я посмотрел ваши лекции на видео и проявил интерес и вот я тут и хотел бы задать вопросы:<br /><br />Вы говорили о том что чем более экстремальны условия, тем проще вещество. <br />Значит ли это что можно взять "простое" вещество и затратя какую либо энергию сделать "сложное"?<br />Ну как когда то давно алхимики пытались сделать из не помню какого металла(наверно ртути или серебра) золото? Про алхимиков это метафора и аналогия-не более. <br /><br />P.S. Эксперименты на LHC могут прояснить такую теоретическую область как гравитационное излучение?Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-66927243764427826672010-10-24T21:41:56.562+02:002010-10-24T21:41:56.562+02:00Ну да. Кстати, в том же выпуске Nature Physics был...Ну да. Кстати, в том же выпуске Nature Physics была еще одна отдельная статья про SOC в мозге, даже когда нейронная сеть неконсервативна.Igor Ivanovhttps://www.blogger.com/profile/00567251406214176660noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-61194823609912999172010-10-24T21:37:44.822+02:002010-10-24T21:37:44.822+02:00Судя по описанию, про нейронные ансамбли -- это ид...Судя по описанию, про нейронные ансамбли -- это идея о самоорганизованной критичности (SOC) в мозге?Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-12040007092808941712010-10-21T23:16:02.627+02:002010-10-21T23:16:02.627+02:00to starless: По поводу укладки белков. Уже давно д...to starless: По поводу укладки белков. Уже давно доказано, что большинство белков правильно укладываются совершенно самостоятельно, т.е. без участия клеточной машинерии (т.е. рибосом и т.д.). Т.е. их структура зависит только от последовательности аминокислот. Поэтому моделировать рибосому нет надобности. Исключение составляют белки, которые в природе после синтеза и укладки подвергаются дополнительным изменения цепи, например обрезания или зацикливания (пример: инсулин)Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-83467124677277789792010-10-19T12:14:52.543+02:002010-10-19T12:14:52.543+02:00Небольшая поправка: в русском языке нет слова &quo...Небольшая поправка: в русском языке нет слова "вирология", есть слово "вирусология".<br /><br />В проблеме укладки под <i>ab initio</i> обычно понимают всё-таки не квантовый расчёт, а свёртку третичной структуры исходя из развёрнутого состояния полипептидной цепи. Кстати, мне кажется, что решать эту задачу можно было бы путём моделирования укладки при синтезе на рибосоме, как это происходит в реальности, но видимо, ещё не до конца изучено.starlesshttps://www.blogger.com/profile/00961390785958287667noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-68389078179401225352010-10-19T01:32:37.554+02:002010-10-19T01:32:37.554+02:00Да, конечно. Спасибо за пояснение!Да, конечно. Спасибо за пояснение!Igor Ivanovhttps://www.blogger.com/profile/00567251406214176660noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-14655419.post-67991562727995694012010-10-19T01:22:07.019+02:002010-10-19T01:22:07.019+02:00Хотел вам чуть-чуть, с вашего разрешения, терминол...Хотел вам чуть-чуть, с вашего разрешения, терминологию подправить (хотя вы наверное это и так знаете). Обычно когда в областях, неким образом относящихся к квантовой химии, говорят "из первых принципов", то подрузмевают английское, а точнее латинское "Ab Initio". Если это относится к механике фолдинга белков, то это значит, что на каждом шаге динамики находится волновая функция электронов (hartree-fock, density functional theory etc) в приближении Борна-Оппенгеймера, то есть ядра считаются классическими (и статическими). Затем по теореме Хелмана-Фейнмана вычесляется классическая сила действующая на ядра, и позиции ядер уточняются в соответствии с текущеё силой и скоростью. Такие вещи уже делаются, но не для белков (слишком большие) и не на милисекунду (слишком долго). Что делаеться для белков, это так называемая молекулярная динамика, то есть взаимодействия между атомами и кусками молекул запераметризованы неким "силовым полем" (force field), что позволяет решать уже чисто классическую задачу, что гораздо быстрее. Основаня проблема в том что у конкретного форс филда очень, строго говоря, ограниченная область применения, потому что его нужно репараметризовать под каждый конкретный класс молекул, а то и под конкретную молекулу. Мало того, конкретный форс филд может хорошо работать в одном диапазоне темрератур, а другой в другом. Например, форс филды для молекулы ДНК при "комнатной" температуре могут быть не расчитаны на аккуратное описание "плавления" ДНК, то есть когда ДНК из двойной спирали разваливается на две одинарные - расплетается, потому что тот, кто это форс филд параметризовал не учитывал, например, диссоциацию водородных связей. <br />Теперь ещё раз про терминологию, из первых принципов - это Ab Initio - это скорее правильно называть взаимодействием квантованых электронов между собой и классическими ядрами. Молекулярная динамика (MD) или force field - это как раз запараметризованное взаимодействие между атомами и сегментами молекул - это то как пока в основном изучают белки и это не "из первых принципов". Надеюсь, мой комментарий окажется полезен читателяь этого блога.<br /><br />КириллKirill A Velizhaninhttps://www.blogger.com/profile/18364220143102300102noreply@blogger.com